Selasa 9 Mei 2023, sekitar jam 14. 50 wit, terjadi kebakaran yang diduga berasal dari Gudang Logistik BLUD RSUD Abepura. Gumpalan Asap dan nyala Api terlihat membumbung tinggi ke angkasa. Insiden ini sangat membuat masyarakat sekitarnya panik. Para Perawat, Dokter, Petugas administrasi RS, dan dibantu Personil dari Brimob Polda Papua berhasil mengevakuasi pasien kelapangan Parkir RSUD Abepura, bahkan memasang tenda darurat di lapangan parkir RSUD Abepura.
Kebakaran tersebut mengakibatkan seluruh Ruangan Gudang Logistik terbakar dan nyaris menjalar ke gedung-gedung yang bersambungan dengan ruang Gudang Logistik RSUD Abepura seperti ruang Instalasi Gizi, ruang IGD COVID, Ruang IGD, Bahkan ruang Kanak-kanak dan kamar Jenasah. Petugas Kebakaran dengan mobil Damkar berhasil memadamkan Api beberapa jam kemudian sehingga Api tidak menjalar ke bagian atau gedung lain di RSUD Abepura. Walaupun ada beberapa bagian seperti sisi atap ruang RKK, Gizi, Kamar jenasah, IGD Covid, IGD yang ikut terkena dampak kebakaran. Pada malam harinya sempat terjadi gumpalan asap tetapi kembali dapat di atasi oleh petugas dan aparat yang siaga di lokasi kejadian.